COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 1.908265 1.908265 1.769576
2021-06-30 17:00:00 1.765723 1.765723 1.778262
2021-06-29 17:00:00 1.501747 1.501747 1.777355
2021-06-28 17:00:00 1.749415 1.749415 1.803532
2021-06-27 17:00:00 2.053571 2.053571 1.830347
2021-06-26 17:00:00 1.550990 1.550990 1.856907
2021-06-25 17:00:00 1.775483 1.775483 1.892469

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 4.694836 4.694836 2.382192
2021-06-30 17:00:00 2.771180 2.771180 2.303186
2021-06-29 17:00:00 2.795899 2.795899 2.202768
2021-06-28 17:00:00 0.404858 0.089606 2.076032
2021-06-27 17:00:00 1.854220 1.854220 2.001156
2021-06-26 17:00:00 0.905387 1.785714 1.991996
2021-06-25 17:00:00 1.424288 1.424288 1.946818

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 7.142857 7.142857 4.654832
2021-06-30 17:00:00 3.333333 3.333333 4.682147
2021-06-29 17:00:00 2.564103 2.564103 4.733341
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 4.622137
2021-06-27 17:00:00 7.971014 7.971014 5.024495
2021-06-26 17:00:00 5.039788 6.959707 5.096883
2021-06-25 17:00:00 2.749141 2.749141 5.178344

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 1.453175 1.453175 1.630250
2021-06-30 17:00:00 1.799856 1.799856 1.728447
2021-06-29 17:00:00 1.250000 1.250000 1.679620
2021-06-28 17:00:00 0.724638 0.724638 1.645150
2021-06-27 17:00:00 2.777778 2.777778 1.687039
2021-06-26 17:00:00 2.028509 2.028509 1.853013
2021-06-25 17:00:00 1.817335 1.817335 1.969130

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 4.969810 7.266553 7.197819
2021-06-30 17:00:00 6.802721 8.270159 7.169619
2021-06-29 17:00:00 8.527697 8.527697 7.144472
2021-06-28 17:00:00 6.434316 7.374225 7.407836
2021-06-27 17:00:00 6.547209 6.547209 7.512465
2021-06-26 17:00:00 6.036122 6.036122 7.514183
2021-06-25 17:00:00 5.153949 5.153949 7.415343

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 4.375897 4.375897 4.286732
2021-06-30 17:00:00 2.258469 3.826851 4.236663
2021-06-29 17:00:00 2.257053 3.699060 4.142334
2021-06-28 17:00:00 8.755130 4.422944 4.282989
2021-06-27 17:00:00 4.903537 4.903537 4.365569
2021-06-26 17:00:00 4.492053 4.492053 4.484107
2021-06-25 17:00:00 4.552716 4.552716 4.547939

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 2.060440 2.060440 1.410119
2021-06-30 17:00:00 1.304348 1.304348 1.385318
2021-06-29 17:00:00 1.718582 1.718582 1.393310
2021-06-28 17:00:00 0.826446 0.322234 1.340300
2021-06-27 17:00:00 0.823893 0.823893 1.297227
2021-06-26 17:00:00 1.329601 1.329601 1.288948
2021-06-25 17:00:00 1.936108 1.936108 1.311582

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 2.538787 2.538787 2.650758
2021-06-30 17:00:00 2.388759 2.388759 2.685637
2021-06-29 17:00:00 1.803922 1.803922 2.670651
2021-06-28 17:00:00 3.354839 3.354839 2.705467
2021-06-27 17:00:00 3.647059 3.647059 2.702296
2021-06-26 17:00:00 2.268160 2.268160 2.702256
2021-06-25 17:00:00 3.067071 3.067071 2.789762

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 0.761421 0.761421 0.715615
2021-06-30 17:00:00 0.730460 0.730460 0.717561
2021-06-29 17:00:00 0.879917 0.517598 0.718712
2021-06-28 17:00:00 0.000000 2.512563 0.728230
2021-06-27 17:00:00 0.801925 0.801925 0.733602
2021-06-26 17:00:00 0.379687 0.379687 0.781423
2021-06-25 17:00:00 0.682594 0.682594 0.825674

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 1.091405 1.091405 1.115091
2021-06-30 17:00:00 1.174542 1.174542 1.118869
2021-06-29 17:00:00 0.891476 1.159829 1.124642
2021-06-28 17:00:00 0.810002 1.134726 1.105490
2021-06-27 17:00:00 1.018313 1.018313 1.105572
2021-06-26 17:00:00 0.804308 0.985095 1.122016
2021-06-25 17:00:00 1.087221 1.087221 1.112485

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 4.655870 1.265182 1.072405
2021-06-30 17:00:00 1.222494 1.546392 1.071502
2021-06-29 17:00:00 0.798403 0.798403 1.109276
2021-06-28 17:00:00 0.840336 0.320856 1.139335
2021-06-27 17:00:00 1.340206 1.340206 1.172943
2021-06-26 17:00:00 0.563698 0.563698 1.203127
2021-06-25 17:00:00 1.591187 1.591187 1.286950

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 0.373134 0.373134 0.517581
2021-06-30 17:00:00 0.381679 0.381679 0.537648
2021-06-29 17:00:00 0.000000 0.000000 0.552070
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 0.548152
2021-06-27 17:00:00 2.015677 0.539084 0.672917
2021-06-26 17:00:00 1.012658 1.012658 0.757318
2021-06-25 17:00:00 1.036269 1.036269 0.900388

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 5.577689 2.506964 2.361684
2021-06-30 17:00:00 1.020408 1.020408 2.543403
2021-06-29 17:00:00 4.060914 4.060914 2.539884
2021-06-28 17:00:00 3.191489 1.587302 2.546665
2021-06-27 17:00:00 1.041667 0.564972 2.678167
2021-06-26 17:00:00 4.123711 4.123711 2.803939
2021-06-25 17:00:00 3.030303 3.030303 2.987970

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 0.863558 0.863558 0.713743
2021-06-30 17:00:00 1.525054 1.525054 0.741978
2021-06-29 17:00:00 0.760456 0.760456 0.725388
2021-06-28 17:00:00 0.512821 0.185185 0.728759
2021-06-27 17:00:00 0.245700 0.245700 0.715941
2021-06-26 17:00:00 0.375940 0.375940 0.724417
2021-06-25 17:00:00 1.111111 1.111111 0.750744

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 0.456725 0.456725 0.694301
2021-06-30 17:00:00 0.780031 0.780031 0.730266
2021-06-29 17:00:00 0.662535 0.662535 0.749368
2021-06-28 17:00:00 0.504505 0.504505 0.766488
2021-06-27 17:00:00 0.935990 0.935990 0.781679
2021-06-26 17:00:00 0.484357 0.844942 0.800679
2021-06-25 17:00:00 0.695134 0.695134 0.822231

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 3.110420 3.110420 2.812788
2021-06-30 17:00:00 2.042007 2.042007 2.926285
2021-06-29 17:00:00 3.478774 3.478774 3.028562
2021-06-28 17:00:00 0.726392 0.726392 3.024209
2021-06-27 17:00:00 5.092593 5.092593 3.139903
2021-06-26 17:00:00 2.939686 2.939686 3.270552
2021-06-25 17:00:00 4.215747 4.215747 3.427845

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 0.568182 0.568182 0.734858
2021-06-30 17:00:00 0.885878 0.885878 0.748211
2021-06-29 17:00:00 0.533721 0.533721 0.712439
2021-06-28 17:00:00 0.157729 0.157729 0.709242
2021-06-27 17:00:00 1.126972 1.126972 0.707946
2021-06-26 17:00:00 1.083238 1.083238 0.704217
2021-06-25 17:00:00 0.675261 0.675261 0.690765

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 3.068996 3.068996 2.809650
2021-06-30 17:00:00 2.849117 2.849117 2.873736
2021-06-29 17:00:00 2.159215 2.159215 2.845048
2021-06-28 17:00:00 2.615193 2.615193 2.867771
2021-06-27 17:00:00 4.819800 4.819800 2.946239
2021-06-26 17:00:00 2.725933 2.725933 3.028740
2021-06-25 17:00:00 2.558228 2.558228 3.138137

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 1.119561 1.119561 0.892138
2021-06-30 17:00:00 0.768751 0.768751 0.914685
2021-06-29 17:00:00 0.389105 0.389105 0.906143
2021-06-28 17:00:00 1.786681 0.714595 0.918930
2021-06-27 17:00:00 0.934330 0.934330 0.946599
2021-06-26 17:00:00 1.200924 1.200924 0.976573
2021-06-25 17:00:00 1.028655 1.028655 1.008347

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 0.443131 0.443131 1.439201
2021-06-30 17:00:00 1.353638 1.353638 1.610207
2021-06-29 17:00:00 1.398601 1.398601 1.677343
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 1.744156
2021-06-27 17:00:00 1.395349 1.395349 1.851746
2021-06-26 17:00:00 3.167421 3.167421 1.925275
2021-06-25 17:00:00 3.470032 3.470032 2.034446

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 1.058201 1.058201 1.223990
2021-06-30 17:00:00 2.941176 2.941176 1.194470
2021-06-29 17:00:00 1.775148 1.775148 1.164407
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 1.128799
2021-06-27 17:00:00 1.000000 1.000000 1.163676
2021-06-26 17:00:00 0.000000 0.000000 1.188781
2021-06-25 17:00:00 4.854369 1.941748 1.208879

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-01 17:00:00 2.340426 1.617021 2.166195
2021-06-30 17:00:00 2.713987 2.713987 2.185321
2021-06-29 17:00:00 1.843765 1.843765 2.169333
2021-06-28 17:00:00 2.642008 2.642008 2.130916
2021-06-27 17:00:00 2.947224 2.947224 2.112471
2021-06-26 17:00:00 1.870079 1.870079 2.152495
2021-06-25 17:00:00 2.530730 2.530730 2.220667

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.694836 4.694836 2.382192
Basilicata 7.142857 7.142857 4.654832
Calabria 1.453175 1.453175 1.630250
Campania 4.969810 7.266553 7.197819
Emilia-Romagna 4.375897 4.375897 4.286732
Friuli Venezia Giulia 2.060440 2.060440 1.410119
Lazio 2.538787 2.538787 2.650758
Liguria 0.761421 0.761421 0.715615
Lombardia 1.091405 1.091405 1.115091
Marche 4.655870 1.265182 1.072405
Molise 0.373134 0.373134 0.517581
P.A. Bolzano 5.577689 2.506964 2.361684
P.A. Trento 0.863558 0.863558 0.713743
Piemonte 0.456725 0.456725 0.694301
Puglia 3.110420 3.110420 2.812788
Sardegna 0.568182 0.568182 0.734858
Sicilia 3.068996 3.068996 2.809650
Toscana 1.119561 1.119561 0.892138
Umbria 0.443131 0.443131 1.439201
Valle d'Aosta 1.058201 1.058201 1.223990
Veneto 2.340426 1.617021 2.166195

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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